Основной код описывает главное направление, а дополнительные - остальные самостоятельные виды деятельности. Один и тот же код не становится «лучше» или «хуже» из-за своего статуса.
Как выбрать основной
Смотрите на фактическую модель бизнеса и ключевое направление. Если она меняется, может потребоваться смена основного кода.
Дополнительные коды
Не добавляйте десятки соседних позиций «на всякий случай». Лучше указать те направления, которые бизнес реально ведёт или обоснованно планирует.